Los sorprendentes hallazgos que José Toribio Medina realizó en el Archivo de la Fortaleza de Simancas en España, determinaron su decisión de investigar acerca de la hasta entonces desconocida historia del Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición en América. Por su valor en la reconstitución de la historia colonial, la inquisición limeña fue la primera en ser estudiada por el sabio chileno, que más tarde publicó antecedentes relativos al Santo Oficio en Chile, las islas Filipinas, México, Cartagena de Indias y las provincias del plata.
Primitiva inquisición americana.- El Primer hereje de Chile, De cómo cierto juez pasó a ser reo.- De potencia a potencia.- Del primer proceso de Francisco Aguirre, Los obispos inquisidores ordinarios.- Fundación del Santo Oficio.- Modo de proceder del Santo Oficio, .- Losprimeros comisarios del Santo Oficio en Chile.- Segundo Proceso de Francisco Aguirre.-Variosprocesos, Pedro Sarmiento de Balboa.- Los primeros autos de fe.- Los corsarios ingleses en la Inqisición.- Algunos frailes solicitantes, Agustinos y Franciscoanos. Reos notables.- El Comisario Calderón y el Obispo Pérez de Espinosa, Militares en la inquisición. Loco o Martir, Criollos y españoles.- Los embrollos de un Comisario.-
El jesuita melchos Venegas.- La familia de judios.- Reos de poligamia.- Una secta santiagiña.- El jesuita Juan Francisco de Ulloa, Otros secuases.- Don Francisco de Meneces enla inquisiciión.- Decadencia del Santo Oficio.- Los libros prohibidos.- Extinsión de los Tribunales del Santo Oficio