A Gregorio Pacheco le correspondió negociar los acuerdos de tregua con Chile en 1884, que establecieron de forma definitiva las fronteras entre ambos países. Bolivia perdió sus provincias litorales, lo que causó una profunda frustración en el país. Esta pérdida fue en parte compensada con el establecimiento de un régimen de franquicias aduaneras con Chile. En 1886, Gregorio Pacheco negoció asimismo un tratado de límites con Perú.
Las consecuencias de la Guerra del Pacífico obligaron a Pacheco a enfrentarse a la cúpula militar, que rechazaba los acuerdos de paz y amenazaba continuamente con un pronunciamiento. Estableció un gobierno de coalición con el Partido Conservador y trató de normalizar la situación política del país mediante la promulgación de una amnistía general.